Contenu
- Génétique vs génomique
- Rôle des tests génomiques
- Tests génomiques dans le cancer
- Test génomique à domicile
Les tests génomiques sont souvent confondus avec les tests génétiques. La principale différence est que les tests génétiques sont conçus pour détecter une seule mutation génique (comme les mutations BRCA1 et BRCA2 associées au cancer du sein et de l'ovaire), tandis que les tests génomiques examinent tous vos gènes.
En examinant plus largement votre constitution génétique, y compris comment vos gènes sont séquencés et comment ils s'influencent les uns les autres, les tests génomiques peuvent vous donner un aperçu du fonctionnement de votre corps au niveau moléculaire et de ce que cela signifie en termes de risque de maladie, de progression ou récurrence.
Les tests génomiques sont couramment utilisés dans le traitement du cancer pour déterminer comment une tumeur est susceptible de se comporter. Cela peut aider les médecins à prédire à quel point votre cancer sera agressif et s'il est susceptible de se propager (métastaser) à d'autres parties du corps.
Les tests génomiques sont un outil central dans le développement de la médecine personnalisée qui vise à personnaliser les traitements, les produits et les pratiques en fonction de l'individu.
Génétique vs génomique
Bien que la génétique et la génomique soient toutes deux associées aux gènes, elles ont des objectifs et des applications totalement différents.
La génétique
La génétique est l'étude des effets des gènes sur un individu. Les gènes fournissent au corps des instructions sur la façon de fabriquer des protéines; les protéines, à leur tour, déterminent la structure et la fonction de chaque cellule du corps.Les gènes sont constitués de blocs de construction, appelés ADN, qui sont disposés dans une chaîne appelée «bases». L'ordre, ou le séquençage, des bases déterminera quelles instructions sont envoyées et quand.
Alors que de nombreux gènes sont codés pour produire des protéines spécifiques, d'autres gènes non codés régulent comment et quand les protéines sont produites (activant et désactivant essentiellement certains gènes). Toute aberration dans le fonctionnement d'un gène peut influencer le risque de certaines maladies en fonction des protéines affectées.
Dans certains cas, une seule mutation génique peut entraîner des maladies telles que la fibrose kystique, la dystrophie musculaire et la drépanocytose.
Les tests génétiques peuvent rechercher toute mutation génétique que vous avez héritée de vos parents, soit pour confirmer un diagnostic, prédire le risque futur ou déterminer si vous êtes porteur.
Génomique
La génomique est l'étude de la structure, de la fonction, de la cartographie et de l'évolution de l'ensemble complet d'ADN, y compris tous les gènes. Le matériel génétique et toutes les séquences sont appelés le génome. Le but de la génomique est d'analyser la fonction et la structure d'un génome afin de:
- Comprendre comment les systèmes biologiques complexes, tels que le système cardiovasculaire et le système endocrinien (hormone), s'influencent mutuellement
- Prédire quels problèmes peuvent survenir si les interactions génétiques interfèrent avec les fonctions biologiques normales
Au total, il y a entre 20 000 et 25 000 gènes codant des protéines différents et environ 2 000 gènes régulateurs non codés dans le génome humain.
La génomique est importante car elle nous aide à comprendre pourquoi certaines personnes sont génétiquement prédisposées à certaines maladies (même si nous ne comprenons pas comment certains gènes interagissent). Plutôt que d'identifier une seule voie génétique, la génomique évalue la multitude de variables génétiques qui affectent le développement et / ou le traitement d'une maladie, comme le cancer ou le diabète.
Contrairement à la génétique, la génomique n'est pas limitée aux mutations héréditaires. Il identifie comment votre constitution génétique influe sur l'évolution d'une maladie et, inversement, comment l'environnement, le mode de vie et les traitements médicamenteux peuvent déclencher des mutations qui modifient cette évolution.
En comprenant ces variables en constante évolution, les médecins peuvent faire des choix de traitement plus éclairés, souvent de manière préventive.
Rôle des tests génomiques
Les tests génomiques sont basés sur notre compréhension actuelle du génome humain, un processus qui a commencé avec le projet collaboratif du génome humain de 1990 à 2003.
Au cours des années de convocation, les scientifiques ont été en mesure d'identifier de plus en plus les anomalies génétiques qui se traduisent non seulement par le développement d'une maladie, mais aussi par les caractéristiques de la maladie. Cela a permis de comprendre pourquoi certaines personnes développent des formes plus agressives de cancer, vivent plus longtemps avec le VIH ou ne répondent pas à certaines formes de chimiothérapie.
Alors que les tests génétiques peuvent confirmer ou exclure une maladie génétique suspectée, la génomique va encore plus loin en nous fournissant:
- Marqueurs de risque afin de dépister les maladies
- Marqueurs pronostiques pour prédire la vitesse de progression d'une maladie, sa probabilité de récidive et l'issue probable d'une maladie
- Marqueurs prédictifs pour guider les choix de traitement et éviter la toxicité
- Marqueurs de réponse pour déterminer l'efficacité de divers traitements
Bien que la génomique se concentre sur les implications de notre constitution génétique indépendamment de tous les autres facteurs, elle n'est pas utilisée isolément.
Le mouvement croissant vers la médecine personnalisée change la façon dont nous abordons les maladies en général. Plutôt qu'une solution universelle, la médecine personnalisée prend en compte la grande variabilité de la génétique, de l'environnement et du mode de vie pour offrir une solution plus sur mesure pour chaque individu.
Comment fonctionne le test
Les tests génomiques sont généralement proposés sous la forme d'un panel de gènes ciblés, allant de l'analyse des «points chauds» génétiques (sites de mutation bien établis) au séquençage complet des gènes. Les tests sont généralement effectués dans un laboratoire spécialisé certifié sous le Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA) de 1988. Aujourd'hui, il existe plus de 500 laboratoires de génétique certifiés CLIA aux États-Unis.
La plupart des tests nécessitent un échantillon de sang ou de salive ou un prélèvement de l'intérieur de votre joue (connu sous le nom de frottis buccal). Selon les objectifs du test, il peut ne nécessiter que quelques gouttes de sang ou plusieurs flacons. Une biopsie d'une tumeur ou d'une moelle osseuse peut être nécessaire chez les personnes atteintes de cancer.
Une fois l'échantillon obtenu, il faut généralement entre une et quatre semaines pour recevoir les résultats. Selon la maladie traitée, un conseiller en génétique peut être à votre disposition pour vous aider à comprendre les limites du test et ce que les résultats signifient et ne signifient pas.
Séquençage de nouvelle génération
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est le principal outil des tests génomiques. Il est utilisé pour identifier et évaluer la séquence génétique de millions de courts segments d'ADN appelés «lectures». Les lectures sont ensuite assemblées en une séquence complète pour déterminer quelles variations génétiques (variantes) sont présentes et ce qu'elles signifient.
Le NGS est extrêmement flexible et peut être utilisé pour séquencer seulement quelques gènes, comme pour un panel de cancer du sein héréditaire, ou le génome entier utilisé généralement à des fins de recherche pour dépister des maladies rares.
Étant donné que la plupart des variantes ont peu ou pas d'impact connu sur la santé humaine, elles seront filtrées pour identifier les quelques-unes qui sont médicalement significatives. Ces variantes seront ensuite notées sur une échelle de cinq points allant de:
- Bénin (non pathogène)
- Probablement bénin
- Incertain
- Probablement pathogène (causant des maladies)
- Pathogène
Alors que la plupart des laboratoires rapporteront les découvertes pathogènes et probablement pathogènes, certains incluront également les découvertes incertaines, probablement bénignes et bénignes. Une interprétation d'un généticien certifié serait également incluse.
Résultats primaires et secondaires
Les résultats directement liés à une condition suspectée sont appelés résultats primaires, tandis que ceux qui sont médicalement significatifs mais non liés sont appelés résultats secondaires (ou accessoires).
Les découvertes secondaires sont souvent pertinentes et peuvent révéler le risque génétique d'une personne d'une maladie future, le statut de porteur ou les découvertes pharmacogénétiques (comment votre corps traite un médicament spécifique). Dans certains cas, des tests peuvent également être effectués sur vos parents pour vous aider à identifier quelles variantes sont partagées et lesquelles de novo (non hérité).
Tests génomiques dans le cancer
Le développement des tests génomiques s'est produit plus ou moins parallèlement à l'essor des thérapies ciblées contre le cancer. Alors que les scientifiques ont commencé à comprendre comment certaines variantes génétiques transformaient des cellules normales en cellules cancéreuses, ils ont pu développer des tests pour dépister des variantes spécifiques et développer des médicaments pour cibler ces gènes.
Aujourd'hui, les tests génomiques font de plus en plus partie intégrante du traitement et de la prise en charge de nombreux types de cancer, notamment le cancer du sein et le cancer du poumon.
Alors que les tests génétiques peuvent aider à identifier le risque de cancer d’une personne, les tests génomiques nous aident à identifier les marqueurs génétiques associés à la caractéristique de la maladie. Cela nous permet de prédire le comportement probable d'une tumeur, y compris sa vitesse de croissance et sa probabilité de métastaser.
Ceci est important étant donné que les cellules d'une tumeur sont sujettes à une mutation rapide. Même si une seule variante génétique est responsable de la montée d'une tumeur, la maladie elle-même peut prendre de nombreuses évolutions différentes, certaines agressives et d'autres non. Alors qu'un test génétique peut aider à identifier la malignité, un test génomique peut identifier les moyens les plus efficaces de la traiter.
De plus, si une tumeur subit une mutation soudaine, un test génomique peut déterminer si la mutation est réceptive à une thérapie ciblée. Un tel exemple est le médicament Nerlynx (nératinib) utilisé pour cibler et traiter le cancer du sein HER2-positif à un stade précoce.
Comparaison des tests génétiques et génomiques dans le cancer du sein
La génétiqueL'étude des traits génétiques héréditaires, y compris ceux associés à certaines maladies
La génétique établit votre risque d'hériter du cancer de vos parents
Les tests BRCA1 et BRCA2 peuvent prédire votre risque de cancer du sein ou de l'ovaire
Une fois que vous connaissez votre risque de cancer du sein, vous pouvez prendre des mesures pour réduire activement votre risque
L'étude de l'activité et de l'interaction des gènes dans le génome, y compris leur rôle dans certaines maladies
Une fois que vous avez un cancer, la génomique détermine le comportement de la tumeur
Les tests Oncotype DX et PAM50 du cancer du sein sont utilisés pour profiler une tumeur et prédire comment vous répondrez à la chimiothérapie
Sur la base des résultats du test génomique, vous et votre médecin pouvez décider quelles options de traitement sont les plus appropriées après la chirurgie
Test génomique à domicile
Les tests génomiques à domicile ont déjà infiltré notre vie quotidienne, à commencer en grande partie par la sortie du kit génétique à domicile 23andMe directement destiné aux consommateurs en 2007.
Alors que certains tests génétiques à domicile, comme les tests AncestryDNA et National Geographic Geno 2.0, étaient conçus uniquement pour retracer l'ascendance d'une personne, 23andMe offrait aux consommateurs la possibilité d'identifier leur risque de certains troubles génétiques de la santé.
C'est un modèle d'entreprise qui a été semé d'embûches. En 2010, la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis a ordonné à 23andMe et à d'autres fabricants de tests génétiques à domicile liés à la santé de cesser de vendre les dispositifs, que le régulateur considérait comme des «dispositifs médicaux» en vertu de la loi fédérale.
En avril 2016, après des années de négociations avec la FDA, 23andMe a obtenu le droit de publier son test de risque pour la santé génétique du Personal Genome Service, capable de fournir des informations sur la prédisposition d'une personne aux 10 maladies suivantes:
- Déficit en alpha-1 antitrypsine (une maladie génétique liée à une maladie pulmonaire et hépatique)
- Maladie cœliaque
- Dystonie primaire précoce (un trouble du mouvement involontaire)
- Déficit en facteur XI (un trouble de la coagulation sanguine)
- Maladie de Gaucher type 1
- Déficit en glucose-6-phosphate déshydrogénase (un trouble des globules rouges)
- Hémochromatose héréditaire (un trouble de surcharge en fer)
- Thrombophilie héréditaire (un trouble de la coagulation sanguine)
- Maladie d’Alzheimer tardive
- La maladie de Parkinson
Les tests à base de salive offrent le même niveau de précision que ceux utilisés par les médecins.
Malgré les avantages de ces produits, certains défenseurs restent préoccupés par le risque potentiel de discrimination si l’information génétique était partagée sans l’autorisation du consommateur. Certains soulignent le fait que le géant pharmaceutique GlaxoSmithKline (GSK) est déjà un investisseur dans 23andMe et envisage d'utiliser les résultats des tests de plus de cinq millions de clients pour concevoir de nouveaux médicaments pharmaceutiques.
Pour contrer les critiques, 23andMe a informé la FDA que les résultats seraient «désidentifiés», ce qui signifie que l'identité et les informations du consommateur ne seraient pas partagées avec GSK.