Contenu
- Qu'est-ce qu'un génotype et un phénotype?
- Expliquer le génotypage du VIH
- Expliquer le phénotype du VIH
- Quand un test de résistance génétique est-il effectué?
En cas d'échec du traitement, des combinaisons de médicaments alternatives doivent être sélectionnées afin de supprimer cette nouvelle population de virus résistants. Test de résistance génétique contribue à faciliter cela en identifiant les types de mutations résistantes dans le «pool viral» d’une personne, tout en vérifiant la sensibilité de ces virus aux éventuels agents antirétroviraux.
Deux principaux outils sont utilisés pour les tests de résistance génétique au VIH: le Test génotypique du VIH et le Test phénotypique du VIH.
Qu'est-ce qu'un génotype et un phénotype?
Par définition, un génotype est simplement la constitution génétique d'un organisme, tandis qu'un phénotype correspond aux caractéristiques ou traits observables de cet organisme.
Les tests génotypiques (ou génotypage) fonctionnent en identifiant les instructions héritées dans le codage génétique d'une cellule, ou ADN. Les dosages phénotypiques (ou phénotypage) confirment l'expression de ces instructions sous l'influence de différentes conditions environnementales.
Bien que l'association entre le génotype et le phénotype ne soit pas absolue, le génotypage peut souvent être prédictif du phénotype, en particulier lorsque des changements dans le code génétique confèrent des changements attendus de traits ou de caractéristiques, comme dans le cas du développement d'une résistance aux médicaments.
Le phénotypage, en revanche, confirme le «ici et maintenant». Il vise à évaluer la réaction d’un organisme à des changements spécifiques de la pression environnementale, par exemple lorsque le VIH est exposé à différents médicaments et / ou concentrations de médicaments.
Expliquer le génotypage du VIH
Le génotypage du VIH est généralement la technologie la plus couramment utilisée pour les tests de résistance. Le but du test est de détecter des mutations génétiques spécifiques dans le gag-pol région du virus ' génome (ou code génétique). C'est la région où les enzymes de transcriptase inverse, de protéase et d'intégrase - les cibles de la plupart des médicaments antirétroviraux - sont codées sur la chaîne d'ADN.
En amplifiant d'abord le génome du VIH à l'aide de la technologie de réaction en chaîne par polymérase (PCR), les techniciens de laboratoire peuvent séquencer (ou «cartographier») la génétique du virus à l'aide de diverses technologies de détection de mutation.
Ces mutations (ou accumulation de mutations) sont interprétées par des techniciens qui analysent la relation entre les mutations identifiées et la sensibilité attendue du virus aux différents médicaments antirétroviraux. Les bases de données en ligne peuvent aider en comparant la séquence de test à celle d'un virus prototype de «type sauvage» (c'est-à-dire, VIH qui ne contient pas de mutations résistantes).
L'interprétation de ces tests est utilisée pour déterminer la sensibilité aux médicaments, le plus grand nombre de mutations clés conférant des niveaux plus élevés de résistance aux médicaments.
Expliquer le phénotype du VIH
Le phénotypage du VIH évalue la croissance du VIH d'une personne en présence d'un médicament, puis la compare à la croissance d'un virus témoin de type sauvage dans le même médicament.
Comme pour les tests génotypiques, les tests phénotypiques amplifient la région gag-pol du génome du VIH. Cette section du code génétique est ensuite «greffée» sur un clone de type sauvage en utilisant technologie de l'ADN recombinant. Le virus recombinant résultant est utilisé pour infecter des cellules de mammifères in vitro (en laboratoire).
L'échantillon viral est ensuite exposé à des concentrations croissantes de différents médicaments antirétroviraux jusqu'à ce qu'une suppression virale de 50% et 90% soit atteinte. Les concentrations sont ensuite comparées aux résultats de l'échantillon témoin de type sauvage.
Les changements relatifs de "pli" fournissent la plage de valeurs par laquelle la sensibilité aux médicaments est déterminée. Un changement de quatre fois signifie simplement que quatre fois la quantité de médicament était nécessaire pour obtenir une suppression virale par rapport à celle du type sauvage. Plus la valeur de pliage est élevée, moins le virus est sensible à un médicament spécifique.
Ces valeurs sont ensuite placées dans des fourchettes cliniques inférieures et supérieures, les valeurs supérieures conférant des niveaux plus élevés de résistance aux médicaments.
Quand un test de résistance génétique est-il effectué?
Aux États-Unis, les tests de résistance génétique sont traditionnellement effectués sur des patients naïfs de traitement pour déterminer s'ils ont une résistance aux médicaments «acquise». Des études aux États-Unis suggèrent qu'entre 6% et 16% des virus transmis seront résistants à au moins un médicament antirétroviral, tandis que près de 5% seront résistants à plus d'une classe de médicaments.
Les tests de résistance génétique sont également utilisés lorsque la résistance aux médicaments est suspectée chez les personnes sous traitement. Les tests sont effectués pendant que le patient prend le schéma thérapeutique défaillant ou dans les quatre semaines suivant l'arrêt du traitement si la charge virale est supérieure à 500 copies / ml. Les tests génotypiques sont généralement préférés dans ces cas car ils coûtent moins cher, ont un délai d'exécution plus rapide et offrent une plus grande sensibilité pour la détection de mélanges de virus de type sauvage et résistants.
Une combinaison de tests phénotypiques et génotypiques est généralement préférée pour les personnes ayant une résistance complexe à plusieurs médicaments, en particulier pour celles exposées à des inhibiteurs de protéase.